一、办公室
二、人事科（离退休干部管理办公室）
三、党群工作科
四、财务与审计科
五、总务药械科
六、数据信息科
七、业务管理科（应急管理办公室）
八、传染病防治科
九、慢性非传染性疾病防制科（地方病防制科）
十、免疫预防管理科（生物制品管理办公室）
十一、艾滋病防治科
十二、病媒生物防制与消杀科
十三、职业病防治科
十四、食品营养与环境卫生监测科
十五、学校卫生科
十六、健康教育科
十七、理化检验科
十八、病原微生物检验科
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